Celem kontroli wewnętrznej prowadzonej w Urzędzie Miasta Kostrzyn nad Odrą i jednostkach organizacyjnych jest pomoc kierownictwu w doskonaleniu metod zarządzania w Urzędzie Miasta oraz jednostkach kontrolowanych poprzez ustalanie i eliminowanie w toku kontroli wszelkich uchybień i nieprawidłowości na szczeblu działania jednostki samorządu terytorialnego oraz nadzorowanie realizacji wydanych zaleceń pokontrolnych.

Kontrole prowadzone są na podstawie zatwierdzonego przez Burmistrza Miasta Kostrzyn nad Odrą rocznego planu kontroli (kontrole planowane) oraz na podstawie dyspozycji Burmistrza Miasta Kostrzyn nad Odrą (kontrole doraźne).

Zasady, sposób i tryb przeprowadzania postępowania kontrolnego oraz postępowania pokontrolnego określa „Regulamin kontroli wewnętrznej w Urzędzie Miasta Kostrzyn nad Odrą i jednostkach organizacyjnych Miasta Kostrzyn nad Odrą” wprowadzony do stosowania Zarządzeniem Nr 21/2016 Burmistrza Miasta Kostrzyn nad Odrą z dnia 15.01.2016 r.