Stowarzyszenia i związki międzygminne, do których należy Miasto Kostrzyn nad Odrą:

1. Stowarzyszenie Gmin Polskich Euroregionu "Pro Europa Viadrina" (Gorzów Wlkp.) - od 10.10.1996 r.

2. Celowy Związek Gmin CZG-12 (Długoszyn) - od 22.05.1997 r.

3. Związek Miast Polskich (Poznań) - od 30.06.1999 r.

4. Związek Samorządów Na Rzecz Modernizacji Dróg Krajowych nr 22, nr 50 i nr 508 (Chojnice) - od 23.09.1999 r.

5. Stowarzyszenie na Rzecz Miast i Gmin Nadodrzańskich (Szczecin) 24.08.2000 r.

6. Wielkopolski Ośrodek Kształcenia i Studiów Samorządowych (Poznań) - od 31.01.2008 r.

7. Lubuska Sieć Szerokopasmowa (Gorzów Wlkp.) - od 10.02.2011 r.

8. Odra dla Turystów (Nowa Sól) - od 20.09.2012 r.

9. Zrzeszenie Gmin Województwa Lubuskiego (Zielona Góra) -od 24.06.2014 r.

10. Zielona Dolina Odry i Warty (Górzyca) - od 27.08.2015 r.